Основными задачами Филиала являются:

—      ускорение развития животноводства и выявление принципиально новых возможностей технического прогресса в области ветеринарной санитарии и зоогигиены;

—      содействие в обеспечении ветеринарно-санитарного и зоогигиенического благополучия животноводства и получение доброкачественной в санитарном отношении продукции и сырья животного происхождения;

—  оказание методической помощи сельскохозяйственным органам по внедрению достижений науки, техники и передового опыта в сельском хозяйстве.

В соответствии с основными задачами на Филиал возлагается:

—   разработка теоретических и прикладных проблем ветеринарной санитарии и зоогигиены, направленных на ускорение развития животноводства;

—   разработка рекомендаций для Урала и Западной Сибири по совершенствованию ветеринарно-санитарных и зоогигиенических мероприятий в животноводстве, на предприятиях по переработке, хранению продуктов и сырья животного происхождения и участие в реализации этих рекомендаций;

—   изыскание и апробация новых методов и средств дератизации и дезинфекции объектов ветеринарного надзора;

—   апробация в широких производственных условиях н внедрение научных разработок ФГБНУ «ВНИИВСГЭ» в производство с учетом зональных особенностей;

—   изучение экологической обстановки в регионе и разработка ветеринарно-санитарных и зоогигиенических мероприятий, изыскание методов и средств профилактики, лечения и диагностики эндемических заболеваний в природных и техногенных провинциях;

—  определение качества и токсикологической оценки кормов для животных;

—  проведение систематического анализа  уровня состояния животноводства по вопросам ветеринарной санитарии и зоогигиены, изучение отечественных и зарубежных научно-технических достижений и передового опыта, подготовка предложении по использованию их в животноводстве и ветеринарии;

—  представление для демонстрации на российских, зарубежных и других выставках экспонатов, отражающих достижения научно-исследовательский работы филиала;

—   осуществление авторского надзора за использованием в производстве новых разработок и технологических процессов, разработанных в филиале;

—   активное участие в работе сельскохозяйственных органов по пропаганде и освоению в сельскохозяйственном производстве достижений науки и передового опыта.

Филиал в установленном порядке:

—   проводит подготовку научных кадров через аспирантуру ФГБНУ «ВНИИВСГЭ», а также повышение квалификации научных работников;

—   принимает участие в формировании программы ведения животноводства в зоне деятельности Филиала;

—     готовит к изданию научные статьи, материалы конференций, методические указания и рекомендации, брошюры, плакаты, листовки и бюллетени научно-технической информации;

—     подаёт заявки на предполагаемые изобретения и получает патенты;

—     дает заключения о целесообразности использования результатов НИР по вопросам ветеринарной санитарии, зоогигиены и экологии, рекомендуемых для внедрения в производство другими научно-исследовательскими учреждениями и сельскохозяйственными вузами;

       — проводит     рецензирование     кандидатских     и     докторских     диссертаций, соответствующих направлению своей работы.

— сдаёт в аренду свободные помещения, здания и сооружения в порядке, установленном действующим законодательством;

            — осуществляет иные виды коммерческой и хозяйственной деятельности, не противоречащие законодательству Российской Федерации и Уставу ФГБНУ «ВНИИВСГЭ».

Научные исследования выполняются по договорам с предприятиями, колхозами и совхозами, частными лицами, научно-исследовательскими, проектными и другими учреждениями и организациями.