Основными задачами Института являются: 

— теоретическое обоснование и разработка средств и методов обеззараживания и обезвреживания животноводческих помещений, перерабатывающих предприятий, хладокомбинатов, транспортных средств, кормов и продуктов животноводства с учетом экологической безопасности проводимых мероприятий;

— организация и проведение фундаментальных исследований по изучению влияния природных и антропогенных загрязнителей и других физиологически активных соединений на биохимические, иммунологические и генетические системы животных;

— теоретическое обоснование, подбор и испытание средств и методов, снижающих нагрузку природных и антропогенных загрязнителей на иммунологические и генетические системы животных;

— разработка научно-методических основ ветеринарно-санитарного обследования регионов, подвергнутых антропогенному загрязнению, и организация экологического мониторинга объектов ветеринарно-санитарного надзора;

— изучение миграции антропогенных и естественных загрязнителей в экологически связанных природных пищевых цепях;

— теоретическое обоснование и разработка средств и способов получения экологически чистых продуктов животноводства в условиях загрязнения окружающей среды опасными химическими веществами и радионуклидами;

— проведение картографирования территории Российской Федерации по уровню загрязнения природной среды химическими веществами и радионуклидами;

— исследования по выявлению и экспериментальной проверке путей и факторов передачи возбудителей наиболее опасных (в том числе антропозоонозных) инфекционных заболеваний сельскохозяйст­венных и диких промысловых животных, птиц, рыб, пчел;

— изучение выживаемости и вирулентности патогенных и токсигенных микроорганизмов в кормовых средствах и продуктах животноводства при транспортировке, хранении и переработке;

— научное обоснование и разработка систем и способов купирования и ликвидации очагов инфекционных заболеваний сельскохозяйственных животных, обеспечивающих наименьший экологический и экономический ущерб;

— изучение развития антагонизма и синергизма патогенных микроорганизмов и антропогенных загрязнителей в различных природных средах и организме животных;

— изучение механизма действия различных химических средств на патогенные микроорганизмы, насекомых, клещей, грызунов с целью теоретического обоснования и разработки высокоэффективных и экологически безопасных средств дезинфекции, дезинсекции, дератизации и технологий их применения;

— разработка, совершенствование и апробация технических средств для механизации ветеринарно-санитарных работ;

— научное обоснование и разработка ветеринарно-санитарных и зоогигиенических нормативов для проектирования, строительства и эксплуатации животноводческих ферм при различных формах ведения хозяйства с целью обеспечения оптимальных условий содержания сельхозживотных и снижения экологической нагрузки на их организм;

— разработка ветеринарно-санитарных и зоогигиенических мероприятий, требований и нормативов по защите окружающей среды от загрязнения отходами животноводства, а также по охране животных от антропогенных загрязнений; переработке и использованию отходов и побочных продуктов животноводства с учетом экологической безопасности, эпизоотического и эпидемического благополучия;

— разработка системы ветеринарно-санитарной, зоогигиенической и экологической оценки выбросов и стоков животноводческих ферм и перерабатывающих предприятий;

— изучение и теоретическое обоснование закономерностей естественных процессов санации отходов животноводства на основе принципов микробной деструкции веществ и микробного антагонизма;

— теоретическое и экспериментальное обоснование средств и технологий дезинфекции, дегазации и дезактивации объектов ветнадзора в чрезвычайных условиях мирного и военного времени, а также путей использования обезвреженных и обеззараженных продуктов питания;

— научное обоснование и разработка ветеринарно-санитарных и экологических нормативов безопасности продуктов животного происхождения, рыбопродуктов, меда и кормов;

— проведение сертификации продуктов питания, кормов и ветпрепаратов в соответствии с областью аккредитации;

— разработка учебных программ и проведение курсов повышения квалификации, а также аттестация ветеринарных специалистов по вопросам ветеринарной санитарии, гигиены и экологии.

ФГБНУ «ВНИИВСГЭ» является головной научной организацией и координатором НИР федерального уровня по теоретическим проблемам и практическим вопросам ветеринарной санитарии, гигиены и экологии, в частности, по обеспечению ветеринарно-санитарного благополучия животноводческих ферм, качества и безопасности продукции животноводства, по оптимизации среды обитания с/х животных с целью обеспечения их здоровья и повышения продуктивности, по разработке природоохранных технологий утилизации отходов животноводства.

За цикл работ по теоретическому обоснованию и внедрению аэродисперсных систем в животноводстве и птицеводстве 4 сотрудника удостоены Государственной премии СССР (1982 г.).

За разработку и внедрение методов борьбы с подкожным оводом крупного рогатого скота ряд учёных института отмечен премией Совета Министров СССР (1980 г.).

За разработку научных основ и внедрение в широкую практику интегрированной системы мер борьбы с болезнями пчёл группа учёных удостоена премии Правительства РФ (1996).

За разработку мер борьбы и специфической профилактики высококонтагиозной вирусной геморрагической болезни кроликов группа учёных, среди которых 2 сотрудника института, удостоена премии Правительства РФ (1999).

За последние годы в институте разработано 43 ветеринарных препарата, 9 технических устройств, 6 технологий, 263 научно-технических документа. Получено 79 патентов, в т.ч. в США, Японии, ФРГ и др. странах, 19 свидетельств на товарные знаки.

С 1996 по 2013 гг. выпущено 31 том научных трудов, опубликовано 6 монографий. Научный потенциал института представлен 1 академиком Россельхозакадемии, 1 член-корреспондентом РАСХН, 24 докторами (из них 11 профессоров) и 60 кандидатами наук.

Среди сотрудников института 6 заслуженных деятелей науки РФ, 3 заслуженных ветеринарных врачей РФ, 8 лауреатов государственной и правительственных премий.

Институт имеет лицензию Минвуза РФ на право ведения общеобразовательной деятельности.

Для выполнения на современном методическом уровне фундаментальных и приоритетных прикладных исследований институт располагает достаточной материально-технической базой.